Onslaught
Lorsque Magneto fait un retour en force et déchaine une vague électromagnétique qui neutralise les équipements informatiques au niveau mondial, Charles Xavier mène personnellement un assaut contre sa base, l’Astéroïde M. Durant l’affrontement, Magnéto arrache l’adamantium lié au squelette de Wolverine. En représailles, Xavier efface l’esprit de Magnus et le plonge dans un état végétatif. À son insu, il absorbe également une part de l’esprit de son ancien ami. Après la création de l’Ère d’Apocalypse, Nate Grey arrive dans la réalité Marvel. Nate Grey est un mutant surpuissant qui est également un double de Cable. Charles Xavier pense qu’il peut être une incarnation de Stryfe, clone maléfique de Cable, et l’espionne à distance. Nate Grey le repère et, grâce à ses pouvoirs, parvient à donner corps à la forme astrale de Charles. Ces 2 évènements et plusieurs tragédies vont pousser Xavier dans ses limites et créer Onslaught, une nouvelle manifestation de la part sombre de Charles Xavier mêlée à celle de Magnéto.
Les Protocoles Xavier
Onslaught s’avère difficile à arrêter. Les X-Men vont chercher l’aide de Moira MacTaggert qui les conduit dans une base secrète de Xavier. Lorsqu’ils entrent, un programme se lance et donne des instructions permettant de neutraliser Charles s’il devenait une menace. Ce n’est cependant pas le seul : un 2nd indique comment tuer définitivement Wolverine. Charles Xavier a en effet recherché comment tuer chacun de ses étudiants si ceux-ci devaient devenir une menace.
Complicité avec des criminels recherchés : Magneto à Genosha
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Charles Xavier se fait régulièrement l’allié de criminels recherchés, notamment Magnéto. Un imposteur s’est fait passer pour Magnéto et a dévasté New York et tué Jean Grey avant de se faire décapiter par Wolverine. Charles Xavier va pour l’enterrer mais retrouve en secret le véritable Magnéto, gardant sa survie secrète. Peu après, Magnéto lui amène la Sorcière Rouge après que celle-ci a détruit les Avengers. Cependant, Charles Xavier ne parvient pas à la ramener à la raison, ce qui mènera à House of M et la Décimation des mutants. Enfin, lorsque Charles Xavier meurt, c’est quasi anecdotique mais on apprend qu’il a épousé en secret Raven Darkhölme alias Mystique.
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